Parafia erygowana w XIV wieku. Pierwszy drewniany kościół wybudowany w 1380 roku. Obecną świątynię, również drewnianą, wzniesiono w latach 1712-1727. W latach 1990-2001 przeszła gruntowną renowację.
Film przedstawiający historię Kościóła w Podlesiu Kościelnym pw. Św. Anny (film dostępny na stronie https://poznan.tvp.pl/51202188/szlakiem-drewnianych-kosciolow)